1、内部结构不同。转子泵是通过两个转子在泵腔体内反向旋转，将进料口到输送口的容积由大变小而达到输送物料的目的，而螺杆泵是通过螺旋状的螺杆在橡胶定子内转动，使物料从前至后的螺旋转动从出料口送出。
2、配件寿命的不同。由于转子泵部件之间没有摩擦，转子泵的磨损件使用寿命很长，对过流部件的磨损主要来自与介质中的磨蚀性和腐蚀性成分；而螺杆泵的转子和定子之间的摩擦，介质中颗粒物等同时影响磨损件的使用寿命。 偏心旋转的转子产生的应力全部被定子承受，这样加剧了部件之间的磨损。 即使是输送没有任何颗粒物的介质，泵的定子也会逐渐磨损。
3、卫生级别不同。由于螺杆泵的非流线型曲面以及腔室内众多的缺陷决定了它不可能成为卫生级的泵。腔壁四氟或橡胶的损坏更可能对输送介质造成污染。而转子泵由于转子的流线结构以及转子室中基本没有死点和非金属件，所以，在食品饮料、医药等卫生级要求较高的行业中，高粘度容积泵更合适应用，特别是现在的生产线自动化越来越高，同时越来越多的采用了在线清洗，这就更显示了选择凸轮转子泵的重要性。所以，转子泵卫生级别要高于螺杆泵。
4、输送方向不同。转子泵输送方向可以逆转，泵为完全对称的结构；而螺杆泵不可以逆转，其在反向输送的时候密封处于受压状态。
5、自吸能力不同。螺杆泵有很好的自吸能力，但要避免泵体空转，且不能超过30秒；则转子泵在转速大于200rpm的情况下，可以产生很好的自吸能力。